Esta sede fue creada en el año 1984 a solicitud del ingeniero Segundo Pascual Camacho, mediante acuerdo de Directorio N° 267-84-IIAP-D. Después de más de dos años de su creación, el 10 de abril de 1986, se declaró instalado este nuevo órgano desconcentrado, bajo la coordinación del Dr. Carlos Linares Bensimón. Inició sus acciones en un pequeño ambiente cedido por el Proyecto Especial Huallaga Central – Bajo Mayo. Luego se gestionó un terreno de 5 000 m2, ubicado entre la ciudad de Tarapoto y el distrito de Morales, para la construcción de las oficinas y ambientes necesarios.
La Municipalidad Provincial de San Martín, mediante Resolución Municipal Nº 129-87-MPSM, de fecha 10.02.1987; resuelve adjudicar a favor del Instituto de Investigaciones de la Amazonía Peruana, el lote de terreno urbano ubicado en el Jr. Comandante Chirinos cuadra 03 (ex carretera que conduce al Campamento Militar) esquina con el Jr. Belén Torres de Tello cuadra 01; frente a la Urbanización Baltasar Jaime Martínez de Compagñon. Y en el año 2002, mediante Resolución Municipal Nº 002-2002/CPSM, de fecha 21.10.2002, resuelve en su artículo 1º: DONAR el terreno urbano de propiedad Municipal al INSTITUTO DE INVESTIGACIONES DE LA AMAZONÍA PERUANA (IIAP) – SAN MARTÍN. En el 2009, se logró inscribir ante registros públicos el terreno donado por la Municipalidad Provincial San Martína nombre del IIAP San Martín. Actualmente la cobertura de servicios se ha ampliado hasta la zona de Alto Amazonas – Loreto.