El IIAP Huánuco se inicia por acuerdo del Consejo Superior del IIAP del 16 de Enero de 1985, Acuerdo Nº 059 – CS – IIAP, el mismo año se suscribe un convenio de cooperación entre el IIAP y la Universidad Nacional Agraria de la Selva (UNAS), para iniciar trabajos de investigación en orquídeas y suelos degradados, posteriormente en 1994 amplía sus proyectos a Mejoramiento Genético de Papayo y Cocona.
Durante el segundo semestre del 2003 se apertura el Programa de Ecosistemas Acuáticos, con el objeto de promover el desarrollo de la piscicultura mediante un programa de capacitación y transferencia de tecnología en el departamento de Huánuco, asimismo efectúa apoyo con trabajos de investigación y difusión de tecnología, en el 2007 se suscribe un convenio con la Municipalidad Distrital de José Crespo y Castillo, con quienes se viene trabajando hasta la actualidad.
Desde su creación hasta el 2011; desde entonces se utilizo las instalaciones de la UNAS, tanto para sus áreas experimentales como para sus ambientes administrativos, estos últimos utilizados hasta enero del 2011. En el 2012 se ha adquirido un terreno de 11.5 hectáreas donde se construirá la futura estación del IIAP, en la actualidad la oficina del IIAP viene funcionando en Jr Julio Burga 510 Segundo piso