La sede central del IIAP se ubica en la ciudad de Iquitos, región Loreto, desde la cual se coordinan las estrategias para el cumplimiento de la misión institucional y objetivos en el ámbito de acción amazónico en coordinación con los Órganos descentralizados.
En Loreto se mantienen las oficinas directivas principales y labora gran parte de los equipos de investigadores y trabajadores. Asimismo, se encuentra la infraestructura más completa en cuanto a Centros de Investigación y laboratorios. Las investigaciones y estudios realizados por profesionales de esta sede no solo abarcan Loreto, sino también otras regiones de la Amazonía peruana.