La Sede del IIAP Madre de Dios y Selva Sur, se crea en la región en cumplimiento a la Ley N° 23374 y mandato del Artículo 120 de la Constitución Política del Perú de 1979.
En la hoy región de Madre de Dios se crea, como una filial el 17 de noviembre de 1986, durante la gestión del Dr. Jaime Moro, como Presidente del IIAP.
Desde entonces inicia su actividad como una institución dedicada a la investigación, bajo la dirección del Ing. Agrónomo Frank Cruz Sisniegas, con el proyecto Crianza de Ovinos de Pelo en Madre de Dios, en convenio con la entonces Corporación Departamental de Madre de Dios CORDEMAD